Mapache：一个灵活的古DNA映射流程
摘要：将远古DNA与参考基因组进行比对是具有挑战性的，因为涉及多个步骤，耗时且需要在研究中重复进行，以评估提取物和文库的质量；因此，比对需要自动化处理大量数据以保证可复制性。我们提出了mapache，一个灵活、强大和可扩展的流程，可以以可复制的方式比对、量化和填充远古和现代DNA。Mapache是在工作流管理器Snakemake中实现的，针对低空间消耗进行了优化，可以高效（重新）比对大数据集，比如参考组和多个提取物和文库。
作者：Samuel Neuenschwander (1 and 2), Diana I. Cruz D''avalos (1 and 3), Lucas Anchieri (1 and 3), B''arbara Sousa da Mota (1 and 3), Davide Bozzi (1 and 3), Simone Rubinacci (1 and 3), Olivier Delaneau (1 and 3), Simon Rasmussen (4), and Anna-Sapfo Malaspinas (1 and 3) ((1) Department of Computational Biology, University of Lausanne, Switzerland, (2) Vital-IT, Swiss Institute of Bioinformatics, Lausanne, Switzerland, (3) Swiss Institute of Bioinformatics, Lausanne, Switzerland, (4) Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research, University of Copenhagen, Denmark)
论文ID：2208.13283
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2023-03-09