家庭基因型HLA填补和半相同移植的优化
摘要：亲缘相同性移植是一种合适的干细胞移植选择，即使存在多个HLA不匹配因子。需要对供体和受体进行“等位型共享”检测。我们研究表明，即使在高分辨率分型中，需要将所有等位基因都确定下来，仍然存在15\%的等位型定位错误率，而低分辨率分型的错误率更高。同样，在相关的供体中，需要推断出父母的等位型，确定每个孩子继承的是哪个等位型。我们提出了GRAMM（基于图的家族等位型推测）方法，用于推测家族血型HLA分型数据，以及母婴脐血配对的等位基因分型。我们的研究表明，在有家族血型数据的情况下，GRAMM方法几乎没有等位型定位错误。我们将GRAMM方法应用于不同分型分辨率的模拟数据以及母婴脐血分型，并展示了非常高的等位型定位准确度和改进的等位基因推测准确度。我们使用GRAMM方法检测重组事件，并展示在模拟数据中误检测重组事件（假阳性率）非常低。随后，我们将重组检测应用于已分型的家族数据，估计了以色列和澳大利亚人口数据中的重组率。估计结果显示，每个家族的重组率上限为10-20\%（每个个体为1-4\%）。GRAMM方法可以在以下链接处获得: https://gramm.math.biu.ac.il/.
作者：Zuriya Ansbacher-Feldman (1), Sapir Israeli (1), Martin Maiers (2 and 3), Loren Gragert (2 and 3 and 4), Dianne De Santis (5), Moshe Israeli (6 and 7), Yoram Louzoun (1) ((1) Department of Mathematics, Bar-Ilan University, Ramat Gan, Israel, (2) Center for Blood and Marrow Transplant Research, Minneapolis, MN, US, (3) National Marrow Donor Program/Be The Match, Minneapolis, MN, USA, (4) Department of Pathology and Laboratory Medicine, Tulane Cancer Center, Tulane University School of Medicine, New Orleans, LA, USA, (5) Department of Clinical Immunology, PathWest, Fiona Stanley Hospital, Perth, Australia, (6) Tissue Typing Laboratory, Beilinson Hospital, Rabin Medical Center, Petach-Tikva, Israel, (7) Department of Digital Medical Technologies, Holon Institute of Technology, Holon, Israel)
论文ID：2208.05882
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2022-08-12