进一步分析包含GD和GX穿山甲冠状病毒的宏基因组数据集，表明广泛污染，削弱了穿山甲宿主归属。
摘要：研究SARS-CoV-2相关冠状病毒（SARS2r-CoV）感染的唯一除蝙蝠之外的动物是穿山甲。在2020年初，多篇论文报道了在穿山甲中发现的感染GD和GX两个SARS2r-CoV的克隆。然而，支持穿山甲基因组组装的RNA-Seq数据集广泛受到污染，包含合成载体或被大量富集或过滤，仅剩下少量冠状病毒序列。在这里，我们研究了由Li等人提供的支持穿山甲在广东感染GD PCoV的两个粪便样本的测序结果，并发现读取分布与PCR引物污染和SARS-CoV-2污染一致，进一步确认了合成质粒序列的存在。我们还在Lam等人（2020年）的数据集GX/P3B的基础上进行了进一步分析，这是唯一一个由Lam等人（2020年）测序的非富集/过滤的穿山甲组织数据集。我们发现了合成载体，并证实了数据集中的人类基因组来源样本。最后，我们发现了所有穿山甲器官数据集中的人类线粒体序列，以及由Liu等人（2019年）测序的选定穿山甲器官数据集中的鼠和老虎线粒体序列。我们推测，人类和鼠的基因组来源序列可能源于测序之前的污染，而老虎源序列的污染可能是由于测序过程中的交叉污染。这些观察结果对于将穿山甲归因为SARS2r-CoV宿主的数据集是有问题的。我们在这里开发和使用的法医学方法可以应用于检查任何第三方SRA数据集。
作者：Adrian Jones, Steven E. Massey, Daoyu Zhang, Yuri Deigin and Steven C. Quay
论文ID：2207.03288
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2022-07-12