本体开发工具包：构建、维护和标准化生物医学本体的工具包
摘要：用于管理本体生命周期的工作流程与管理软件包类似，其中包括准备发布、持续质量控制检查和依赖管理等多个复杂工作流程。为了管理这些流程，需要使用各种工具，从命令行实用程序到强大的本体工程环境，如ROBOT。在生物医学领域中，已经开发了一组高度多样且相互依赖的本体，标准化发布实践和元数据、建立共享的质量标准对于实现互操作性至关重要。本体开发工具包（ODK）提供了一组标准化、可定制和自动可执行的工作流程，并将所有所需工具打包在一个单独的Docker镜像中。在本文中，我们概述了ODK的工作原理，展示了它在实践中的使用情况，并描述了我们如何设想它推动我们社区的标准化工作。
作者：Nicolas Matentzoglu, Damien Goutte-Gattat, Shawn Zheng Kai Tan, James P. Balhoff, Seth Carbon, Anita R. Caron, William D. Duncan, Joe E. Flack, Melissa Haendel, Nomi L. Harris, William R Hogan, Charles Tapley Hoyt, Rebecca C. Jackson, HyeongSik Kim, Huseyin Kir, Martin Larralde, Julie A. McMurry, James A. Overton, Bjoern Peters, Clare Pilgrim, Ray Stefancsik, Sofia MC Robb, Sabrina Toro, Nicole A Vasilevsky, Ramona Walls, Christopher J. Mungall, David Osumi-Sutherland
论文ID：2207.02056
分类：Databases
分类简称：cs.DB
提交时间：2023-02-15