贝叶斯系统进化树推断中的双曲空间准确性
摘要：贝叶斯推断用于系统发育学是计算系统发育分布的黄金标准。它面临着在高维树空间中移动的挑战性问题。然而，双曲空间提供了树状数据的低维表示。在本文中，我们将基因组序列嵌入到双曲空间中，并进行双曲马尔科夫链蒙特卡洛方法进行贝叶斯推断。通过从提议的嵌入位置解码邻居连接树来计算后验概率。我们通过八个数据集的实证研究证明了这种方法的可靠性。采样后验分布在很大程度上恢复了分裂和分支长度。我们研究了曲率和嵌入维度对马尔科夫链性能的影响。最后，我们讨论了将该方法应用于梯度导航树空间的前景。
作者：Matthew Macaulay, Aaron E. Darling and Mathieu Fourment
论文ID：2206.08044
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2023-07-19