DNA基有限自动机的最优码字构建
摘要：用DNA分子进行计算的技术已经成为计算机科学研究中一个重要的领域，这是因为它具有高信息密度、巨大的并行性以及在密码学、基因工程和生物信息学等领域的潜在应用。在文献中，已经提出了使用DNA分子的计算框架，用于完成各种任务，如模拟逻辑运算、进行矩阵乘法和对NP困难问题的实例进行编码。在其中一个关键应用中，有几项研究提出使用DNA杂交和连接构建有限自动机。这些有限自动机的状态和符号编码是手动完成的。在本文中，我们研究了这种方法的码字构建问题。我们推导出了有限自动机中符号和状态数量的精确理论界限，并在特定情况下获得了完整的符号集合。为了自动编码，我们提出了两种不同的解决方案，基于启发式和整数线性规划（ILP）。此外，我们还提出了基于模拟的实验早期验证。我们提出的流程接受一个有限自动机，自动编码符号用于实际实验，并逐步执行模拟步骤。
作者：Anupam Chattopadhyay and Arnab Chakrabarti
论文ID：2206.01926
分类：Formal Languages and Automata Theory
分类简称：cs.FL
提交时间：2022-06-07