病毒病原体的演化遵循线性顺序
摘要：新冠病毒的暴发显示，尽管从以往的严重急性呼吸综合征（SARS）和中东呼吸综合征（MERS）的暴发中吸取了教训，但病毒的迅速演变意味着未来的规模更大的暴发仍有可能发生。因此，有必要更好地了解冠状病毒以及病毒的演化。本研究报告了几个易于引发暴发的关键病毒家族和属内的氨基酸使用情况的比较分析，包括冠状病毒（SARS-CoV-2、SARS-CoV、MERS-CoV、HCoV-HKU1、HCoV-OC43、HCoV-NL63、HCoV-229E）、甲型流感病毒（H1N1、H3N2）、黄热病毒（登革病毒1-4型、寨卡病毒）和埃博拉病毒（扎伊尔型、苏丹型、邦迪布吉奥型）。我们的分析发现，病毒基因组中的氨基酸使用分布受限于遵循线性顺序，并且分布与病毒家族或属密切相关。这种限制可用于预测病毒变异和未来的关注变种。通过研究以前的SARS和MERS暴发，我们已经将这种自然发生的模式改编为确定尽管穿山甲在COVID-19暴发中发挥了作用，但可能不是唯一的中间动物。除了本研究之外，我们的发现有助于理解病毒变异，以便进一步开发疫苗，并建立一个确定暴发来源的模型。
作者：Zi Hian Tan, Kian Yan Yong, Jian-Jun Shu
论文ID：2205.05634
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2022-05-12