亲缘推断中子平展法的相对表现评估
摘要：用于辨别真实系统发育学中边缘的压缩和子压缩的代数属性提供了直接的方法，扩展至使用序列对齐的模式计数来识别完整树。与二叉树数量相比，一组分类单元之间可能的内部边缘数量相对较小，这使得这些方法变得有吸引力，但对于推断系统发育树的有效性还有更多可以研究的地方。这对于子压缩特别如此，我们的工作在这方面取得了进展。我们引入了用于构建和评估切分的子压缩的软件，利用了多种方法使计算子压缩更容易处理。然后，我们展示了我们进行的模拟实验的结果，以比较子压缩与压缩在切分得分分布和对可能偏倚的敏感性方面的有效性。我们发现，在我们研究的树上，子压缩在切分得分分布方面表现类似于压缩，但可能不太受切分大小/平衡和长支引力引起的偏倚的影响。这些见解对于开发利用这些工具推断系统发育树的有效算法是有用的。
作者：Joshua Stevenson, Barbara Holland, Michael Charleston, Jeremy Sumner
论文ID：2205.02365
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2022-05-06