用显式溶剂分子模拟预测溶液散射图样
摘要：从给定的原子结构模型预测SAS模式需要方法来推导散射信号的分子解释。这样的SAS预测并不简单，因为这些模式受到溶质的水合层、被排除的溶剂和热波动的影响。许多计算高效的方法使用简化的隐式模型来表示水合层和排除溶剂，导致一些不确定性和需要根据实验数据进行拟合的自由参数。基于显式溶剂的分子动力学(MD)模拟的SAS预测克服了这些限制，但代价是增加了计算成本。为了理解显式溶剂方法的必要性，我们首先回顾了隐式溶剂方法的近似。接下来，我们描述了通过WAXSiS网页服务器轻松访问的基于显式溶剂的SAS预测的理论。我们介绍了使用一个名称为GROMACS-SWAXS的修改版本的GROMACS模拟软件实现的从给定分子动力学轨迹计算SAS模式的工作流程，并讨论了运行常规显式溶剂SAS预测的实际考虑因素。
作者：Leonie Chatzimagas and Jochen S. Hub
论文ID：2204.04961
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2022-08-16