关于某些转位排序变体的复杂性
摘要：计算生物学中的一个主要挑战是找到两个生物体之间的演化距离。在比较基因组学领域，估计这种距离的一种方法是找到一个最小成本的重排列序列（大规模突变），将一个基因组转化为另一个基因组，这被称为重排距离。在过去的几十年里，人们考虑了许多类型的重排列问题（如反转、转座、转反转和反转反转反转等），并且考虑了所有重排列都有相同的权重，或者根据重排列的类型给予不同的权重。尽管对涉及反转、转座和两种重排列的问题的复杂性已经知晓，但是最近才证明了结合反转和转座的问题的难证明。在本文中，我们通过证明涉及转座与反转、转反转和反转反转反转的模型是NP-难的，从而增加了对这些问题的了解，其中考虑了反转的权重w1和其他重排列的权重w2，使得w2/w1小于或等于1.5。此外，我们还对与重排列引起的碎片化数量相关的成本函数进行了研究，证明了在考虑了一些限制条件下，对于转座和反转与转座的组合，找到一个最小成本排序序列的问题是NP-难的。
作者：Alexsandro Oliveira Alexandrino, Andre Rodrigues Oliveira, Ulisses Dias, Zanoni Dias
论文ID：2202.08357
分类：Computational Complexity
分类简称：cs.CC
提交时间：2022-02-18