GPRO套件的RNASeq和/或VariantSeq工作流程和管道的客户端应用程序和服务器端Docker管理
摘要：GPRO套件是一个正在进行中的生物信息学项目，用于-omic数据分析。作为该项目持续发展的一部分，我们引入了一种用于比较转录组学和变异分析的客户端和服务器端解决方案。客户端由两个名为"RNASeq"和"VariantSeq"的Java应用程序组成，分别用于管理RNA测序和变异测序分析的工作流程，基于每个主题的最常见的命令行界面工具。两个应用程序与一个Linux服务器基础设施（称为GPRO服务器端）相结合，该服务器托管每个应用程序的所有依赖项（脚本、数据库和命令行界面工具）。服务器端的实现需要Linux操作系统、PHP、SQL、Python、bash脚本和第三方软件。GPRO服务器端可以通过Docker容器部署，可以在用户的个人计算机上安装任何操作系统，也可以作为一种云解决方案在远程服务器上进行安装。这两个应用程序分别提供桌面和云应用程序，提供两种执行模式：逐步模式可以独立执行工作流程的每一步，流水线模式允许依次运行所有步骤。这两个应用程序还具有名为GENIE的实验性支持系统，该系统包括虚拟聊天机器人/助手和与专家系统相结合的管道作业面板。聊天机器人可以解决使用每个工具的问题，管道作业面板提供有关在GPRO服务器端执行的每个任务状态的信息，专家系统为用户提供了可能的建议，以识别或修复失败的分析。两个应用程序和GPRO服务器端将客户端软件的易用性和安全性与前端和后端解决方案的效率相结合，以通过界面环境管理RNA测序和变异测序分析的命令行界面软件。
作者：Ahmed Hafez, Beatriz Soriano, Aya A. Elsayed, Ricardo Futami, Raquel Ceprian, Ricardo Ramos-Ruiz, Genis Martinez, Francisco J. Roig, Miguel A. Torres-Font, Fernando Naya-Catal`a, Josep Alvar Calduch-Giner, Lucia Trilla-Fuertes, Angelo Gamez-Pozo, Vicente Arnau, Jose M. Sempere, Jaume Perez-S''anchez, Toni Gabald''on, Carlos Llorens
论文ID：2202.07473
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2022-11-22