OxDNA研究物种相互作用
摘要：分子生态学利用分子遗传学数据来回答生物地理学和生物多样性等传统生态学问题。几个生态学原理，如生态位假设和竞争排斥，都基于物种之间争夺资源的事实。更一般地说，我们现在认识到物种间相互作用在决定物种共存和丰富度方面起着关键作用。然而，可实验控制的平台，可以用来研究和测量物种间的竞争，非常罕见且难以实施。在这项工作中，我们建议利用分子动力学粗粒化模型来研究DNA单链之间的相互作用，这些单链代表不同物种的个体，它们竞争结合到被视为资源的其他低聚物上。特别是，关于纳米尺度上的DNA-DNA相互作用的良好建立的知识使我们能够测试这样一个假设：低聚物对之间的最大连续重叠程度可以衡量物种的竞争优势。然而，我们认为更复杂的结构也对物种成功结合到目标资源低聚物的能力起着作用。我们通过对DNA链群体的实验来补充模拟，从而定性地验证了我们的假设。这些工具为进一步研究受控DNA基于人工生态系统奠定了有希望的起点。
作者：Francesco Mambretti, Nicol`o Pedrani, Luca Casiraghi, Elvezia Maria Paraboschi, Tommaso Bellini, Samir Suweis
论文ID：2202.05653
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2022-04-06