周边膜蛋白与脂质的特定相互作用：分子模拟能给我们展示什么？
摘要：外周膜蛋白可以可逆地并特异地结合到生物膜上，以执行细胞信号传导、酶活性或膜重塑等功能。这些蛋白质及其与脂质结合域的结构通常在可溶性形式下解决，有时在结合位点上有脂质或脂质头基团。为了提供外周膜蛋白与膜相互作用的详细分子视图，可以应用分子动力学（MD）模拟等计算方法。本文概述了近年来对这些结合相互作用进行表征的尝试，重点关注细胞内蛋白（如PIP结合域）和细胞外蛋白（如糖脂结合细菌外毒素）。我们比较了从模拟数据中识别和分析脂质结合位点的方法。我们重点介绍了使用自由能计算对这些相互作用能量特性进行表征的最新研究。我们描述了方法学和计算能力的改进将如何帮助MD模拟在将来继续对该领域做出贡献。
作者：Andreas Haahr Larsen, Laura H. John, Mark S.P. Sansom and Robin A. Corey
论文ID：2202.00492
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2022-02-02