用时间序列摄影进行特征工程量化酵母菌群形态
摘要：酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)是研究多细胞群落尺度下形态学的模式生物。为了研究形态的发展，我们收集了不同品系的S. cerevisiae生长的时间序列照片数据集。我们讨论了在使用时间序列照片提取时间相关特征时所面临的常见统计挑战。特别地，我们展示了如何通过基于纹理的特征工程和代表性聚类成功地应用于使用我们数据集分类酵母菌群落形态的发展。图像处理中的局部二进制模式(LBP)被用来评分菌群落的表面纹理。这个纹理评分在生长过程中沿着平滑的轨迹发展。所采取的轨迹取决于形态的出现方式。根据纹理发展轨迹进行了一次层次聚类。该聚类方法设计得具有实用解释性，对于任何层次子聚类能得到最佳的代表性菌群落图像。
作者：Andy Goldschmidt, James Kunert-Graf, Adrian C. Scott, Zhihao Tan, Aim''ee M. Dudley, J. Nathan Kutz
论文ID：2201.05259
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2022-06-07