T细胞受体结合库的接触图依赖
摘要：T细胞适应性免疫系统的T细胞部分通过区分寄主和外来物质为宿主提供保护，对未知的病原体产生一定的抵抗能力。这种区分能力是通过形成一组细胞，每个细胞携带一种特异的T细胞受体（TCR），该受体与以多肽形式结合到主要组织相容性复合物上的非自身抗原特异结合。在TCR- pMHC配对的动态水平上理解适应性免疫系统是复杂的，因为TCR- pMHC配对的微妙相互作用和不同的TCR- pMHC配对的可能性数量都使得计算精确解目前不可行。为了对这个问题有所了解，我们研究了一种基于亲和力的TCR- pMHC结合模型，其中使用晶体结构生成基于距离的接触图，用于加权配对氨基酸间的相互作用。我们发现TCR- pMHC结合能量分布在很大程度上取决于接触数量和接触图选择的拓扑的重复结构，这反过来影响了负选择期间T细胞识别的概率，方差较高导致更高的存活概率。此外，我们还量化了高接触位点突变的新抗原被更高速率识别的程度。
作者：Kevin Ng Chau (1), Jason T. George (2), Jos''e N. Onuchic (2), Xingcheng Lin (3) and Herbert Levine (1, 4 and 5) ((1) Physics Department, Northeastern University, (2) Center for Theoretical Biological Physics, Rice University, (3) Department of Chemistry, Massachusetts Institute of Technology, (4) Bioengineering Department, Northeastern University, (5) Center for Theoretical Biological Physics, Northeastern University)
论文ID：2112.14879
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2022-01-03