学习抗体中由体细胞突变引起的插入和删除的统计学和变异模式
摘要：亲和力成熟是改善抗体与抗原结合亲和力的关键。这个过程主要由免疫球蛋白基因体的体细胞高度突变引起的点替换驱动。还包括被称为indels的基因组材料的删除和插入。虽然点替换的景观已经被广泛研究，但indels的详细统计描述仍然缺乏。在这里，我们提出了一种概率推断工具，根据库测序数据学习indels的统计特征，克服了标准注释方法的缺陷和偏见。该模型包括特异性抗体成熟年龄，以考虑库中变异负荷的可变性。在合成数据上进行验证后，我们将该工具应用于大规模的人类免疫球蛋白重链数据集。推断出的模型使我们能够识别出重链中indels的普遍统计特征。我们报告了明显的插入和删除热区，并展示了indels长度分布遵循几何分布，这对未来的超突变过程机制模型施加了约束。
作者：Cosimo Lupo, Natanael Spisak, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
论文ID：2112.07953
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2022-10-12