单细胞转录组学的优化方案：基于组合索引的单细胞转录谱分析
摘要：单细胞组合索引RNA测序（sci-RNA-seq）是一种强大的方法，可以从指数级扩展的个体细胞或细胞核中恢复基因表达数据。然而，sci-RNA-seq是一个复杂的协议，在不同组织中的表现存在变异，并且比替代方法具有较低的灵敏度。在这里，我们报告了一个简化、优化的三级sci-RNA-seq协议的版本，它比原始的sci-RNA-seq3协议更快、产量更高、更强健、更敏感，并且试剂成本的顺序是每个细胞1美分或更低。我们通过对E16.5小鼠胚胎的整个器官进行分析展示了优化后的协议，在单个实验中对约380,000个细胞核进行了分析。最后，我们介绍了一种适用于输入极其有限实验的“微小sci-*”协议。
作者：Beth K. Martin, Chengxiang Qiu, Eva Nichols, Melissa Phung, Rula Green-Gladden, Sanjay Srivatsan, Ronnie Blecher-Gonen, Brian J. Beliveau, Cole Trapnell, Junyue Cao, Jay Shendure
论文ID：2110.15400
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2022-01-07