一个Cartesian FMM加速的Galerkin边界积分Poisson-Boltzmann求解器
摘要：泊松-玻尔兹曼模型在连续溶剂中建模溶剂化生物分子与溶解电解质方面是一种有效且受欢迎的方法。在本文中，我们报告了我们最近在开发一种Galerkin边界积分方法来解决泊松-玻尔兹曼（PB）方程的工作。该求解器具有准确性、效率和内存使用方面的综合优势，它将一个良设定的边界积分公式应用于绕过与PB方程相关的许多数值困难，并使用O(N)的笛卡尔快速多极方法（FMM）加速GMRES迭代。此外，还结合了适应性FMM阶数、块对角线预处理器、Galerkin离散化和Duffy变换等特殊的数值处理方法来改善求解器的性能，并在基准Kirkwood球和一系列测试蛋白质上进行了验证。
作者：Jiahui Chen, Johannes Tausch, Weihua Geng
论文ID：2110.13778
分类：Computational Physics
分类简称：physics.comp-ph
提交时间：2021-10-27