基于第一原理方法的CTCF结合位点的预测和比较分析
摘要：CCCTC转录因子（CTCF）结合位点的模式在许多基因组上进行了第一原则方法的计算。首先对人类和小鼠基因组进行了第一原则方法的验证。预测的人类CTCF结合位点与共识序列一致，K562细胞的ChIP-seq数据，IMR90细胞的核小体位置以及小鼠HOXA基因的CTCF结合位点。对Homo sapiens、Mus musculus、Sus scrofa、Capra hircus和Drosophila melanogaster整个基因组的分析结果显示：结合位点以类团簇的形式组织，其中两个连续位点遵循一种幂律，系数范围从0.3292±0.0068到0.5409±0.0064；这些类团簇之间的距离从18.08±0.52kbp到42.1±2.0kbp不等。Aedes aegypti的基因组不遵循幂律，但有19.9%的结合位点相互之间距离为144±4bp和287±5bp。我们进行了负性测试，确认了Caenorhabditis elegans、Plasmodium falciparum和Arabidopsis thaliana的完整基因组中CTCF结合位点的欠表示。
作者：Nestor Norio Oiwa, Kunhe Li, Claudette E. Cordeiro and Dieter W. Heermann
论文ID：2110.10508
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2021-10-22