人类学习用于分子模拟：VMD中的集体变量仪表板
摘要：集体变量仪表板是一个用于实时、无缝地探索分子结构和轨迹的软件工具，它位于一个可定制的集体变量空间中。仪表板结合了集体变量模块与可视化软件VMD，增加了一个完全可发现的图形界面，提供了用于设计和分析集体变量的交互式工作流程。典型的使用案例包括对增强采样和自由能模拟进行预先设计的集体变量，以及对任何类型的模拟或结构集合在集体变量空间中进行事后分析。通常情况下，这些案例的组合发生在初步的有偏或无偏模拟中，表明优化集体变量集合有助于改善进一步模拟中的采样效果。然后，仪表板提供了一种有效的方式直观地探索可能的集体变量空间，验证基于现有数据的集体变量，并在使用集体变量模块进行有偏模拟时直接使用结果的集体变量定义。我们在两个应用程序上说明了仪表板的使用：发现描述配体从蛋白结合位点解离的坐标，和设计基于体积的变量来有偏地调整跨膜孔的水合作用。
作者：J''er^ome H''enin, Laura J. S. Lopes, Giacomo Fiorin
论文ID：2110.08758
分类：Computational Physics
分类简称：physics.comp-ph
提交时间：2022-02-21