核小体滑动可以影响组蛋白修饰的扩散
摘要：核小体是染色质的基本构建单元，它不仅有助于染色质的折叠，而且携带表观遗传信息。众所周知，核小体滑动是动态组织染色质结构和结果基因调控的关键。由于滑动可以将两个相邻核小体物理上靠近或远离，因此它是否在组蛋白修饰的扩散中起作用？我们通过模拟核小体动力学和组蛋白修饰动力学的随机模型来研究这一问题。我们展示了核小体滑动可以影响修饰模式以及修饰给定染色质区域所需的时间。通过探索不同的核小体密度和修饰动力学参数，我们表明核小体滑动在形成组蛋白修饰域中起重要作用。我们的模型预测，核小体密度与滑动动力学的耦合可以在调控区域周围创建不对称的组蛋白修饰剖面。我们还计算了修饰核小体的概率分布和修饰的松弛动力学。我们的预测与已知的实验结果相当。
作者：Shantanu Kadam, Tripti Bameta and Ranjith Padinhateeri
论文ID：2110.05905
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2022-08-31