祖先重组图拓扑的可恢复性
摘要：在许多物种的群体中，重组是一个塑造遗传多样性的强大进化过程。在重组存在的情况下，从测序数据中重建基因谱系是一个非常具有挑战性的问题，因为这依赖于突变发生在正确的谱系上，以便检测重组并解决本地树中边的位置。我们研究了在重组和基因转化的共同祖先相互合流下恢复真实的祖先重组图（ARGs）拓扑的概率。我们探讨了样本大小和突变率如何影响重构ARGs中固有的不确定性；这揭示了ARG重构方法的理论限制。我们使用几个生物有机体的进化速率估计来说明我们的结果；特别地，我们发现对于对于SARS-CoV-2的实际参数值来说，重建接近真实的基因谱系的概率是很低的。
作者：Elizabeth Hayman, Anastasia Ignatieva, Jotun Hein
论文ID：2110.04848
分类：Populations and Evolution
分类简称：q-bio.PE
提交时间：2022-06-01