确定分子表面最小表示的新算法
摘要：分子表面的特征对于了解分子间识别和结合的机制非常重要。预测方法通常通过对分子表面进行广泛的抽样来识别热点。然而，分析大型蛋白质或许多分子动力学帧往往计算成本高昂。因此，寻找减少采样点数量但保持分子表面所携带的生物信息的最佳方法至关重要。在本研究中，我们提出了一种新的理论和计算算法，通过适当选择空间中的表面点子集，以最小化总点数的方式来最大化分子整体形状的信息。我们通过使用基于Zernike多项式形式的二维局部形状特性的最新方法来测试我们的程序，结果表明与均匀随机采样相比，该算法能够显著提高对完整分子表面信息的再现能力。
作者：Greta Grassmann, Mattia Miotto, Lorenzo Di Rienzo, Giorgio Gosti, Giancarlo Ruocco, Edoardo Milanetti
论文ID：2107.07954
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2021-07-19