抗体-抗原界面的形状互补性优化：应用于SARS-CoV-2的刺突蛋白
摘要：计算结构生物学中，许多因素影响生物分子的结合，并对其进行评估构成了一个难以捉摸的挑战。在这方面，评估分子界面的形状互补性是需要考虑的主要因素之一。我们着重研究抗体-抗原复合物的特殊情况，以衡量分子界面上发生的互补性。我们依赖于我们最近开发的一种方法，该方法使用二维Zernike描述符来表征以有序一组数字总结了局部形状特性的研究区域。收集了一个抗体-抗原复合物的结构数据集，我们应用了这种方法，并且在形状互补性方面统计上了相互作用区域与非相互作用区域之间的差异。因此，我们建立了一种基于抗体结合位点残基的体内酶切的新型计算策略。我们开发了一种蒙特卡洛过程，以增加抗体抗体表位和靶蛋白表面的给定抗原表位之间的形状互补性。我们在SARS-CoV-2突刺蛋白的几个分子靶上应用了我们的协议，这些分子靶被认为对于病毒对细胞的侵入是不可或缺的。因此，我们优化了用于与这些区域相互作用的模板抗体的形状。作为我们过程的最后一步，我们对蒙特卡洛模拟的结果进行了独立的分子对接验证。
作者：Alfredo De Lauro, Lorenzo Di Rienzo, Mattia Miotto, Pier Paolo Olimpieri, Edoardo Milanetti, Giancarlo Ruocco
论文ID：2107.07295
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2022-06-01