人类和动物冠状病毒基因组中进化的核酸包装/组装信号：靶向、传播和演化
摘要：冠状病毒相关的分子机制的研究在全球范围内的 COVID-19 疫情的强烈影响下得到了强化。只有通过详细的比较研究，我们才能更好地了解冠状病毒的起源以及人对人、动物对人和人对动物传播冠状病毒感染的风险。在本文中，我们研究了所有已知的七种人体致病性冠状病毒（SARS-CoV，SARS-CoV-2，MERS-CoV，HCoV-OC43，HCoV-HKU1，HCoV-229E 和 HCoV-NL63）的基因组中的核糖核蛋白包装信号（RNAPS），并将其与相关动物冠状病毒的基因组中的 RNAPS 进行了比较，包括 SARS-Bat-CoV，MERS-Camel-CoV，MHV，Bat-CoV MOP1，TGEV 以及一种骆驼α-冠状病毒。冠状病毒基因组中的 RNAPS 是由螺旋核壳蛋白中基因组 RNA 和 N 蛋白之间的较弱特异性相互作用演化而来的。将过渡基因组映射和Jaccard相关系数相结合，使我们能够直接根据基因组上分布的底层模体进行分析。在所有冠状病毒中，RNAPS 在基因组上准周期地分布，周期约为 54 个核苷酸，对于较长和较短于 SARS-CoV 的基因组分别偏好 57 个核苷酸和 51 个核苷酸。与 MERS-CoV、MHV 和 TGEV 的经验证实的包装信号进行比较证明，特定模体的分布与包装信号强相关。我们还发现，在这些基因组中，许多模体在特征和定位上高度保守，这使得它们成为有前景的治疗靶点。封装机制还可能影响重组和共感染。
作者：Vladimir R. Chechetkin and Vasily V. Lobzin
论文ID：2106.07005
分类：Other Quantitative Biology
分类简称：q-bio.OT
提交时间：2021-08-25