SARS-CoV2高频率编码过早截断蛋白的无意义峰基因
摘要：新冠病毒（SARS-CoV-2）的复制是一个容易出错的过程，最终可能产生一定比例无功能的受损蛋白质副本。例如，在RNA错误复制之后，可能出现一个非常早期的终止密码子（UAG，UAA，UGA），编码为一个过早截断（无意义突变）的刺突蛋白。 在通过细胞感染的自然病毒复制过程中，无意义基因组会被病毒的校正酶修复，受到自然选择的严重惩罚，并且被宿主细胞的mRNA监测机制判处极短的寿命。然而，对于长度为1273密码子的非常长的刺突基因组来说，即使每个核苷酸的低突变率存在，截断的非功能性刺突蛋白仍有可能以高频率发生。 本文提供了一种对SARS-CoV-2刺突序列进行高保真后加工的方法：在来自患者的离体样本中，由于插入/删除导致截断（无意义突变）刺突基因组序列的比率令人印象深刻地高达26％，而在体外细胞培养中仅为9.7％。 同时也对人工合成的SARS-CoV-2刺突基因组进行了潜在高截断刺突蛋白序列的警告，这些基因组没有相关的自然校正/选择，可能包括疫苗制备过程。 最后，提出了一种基于截断和“正常”基因组之间比率的度量标准，作为一种潜在的独立于宿主的变异观察工具，能够分类新的刺突突变的传染性。
作者：Alessio D'Alessandro
论文ID：2105.10074
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2021-06-08