粗糙集合微生物组特征化
摘要：微生物群落剖析了在特定环境中的微生物共同体（称为微生物组）的结构。在过去的十年中，微生物组研究侧重于健康应用，结果发现肠道微生物组与肥胖、炎症性肠病和重度抑郁障碍等多种疾病的发展有关。许多微生物组实验的一个关键目标是对微生物共同体进行描述或描绘。高通量测序被用于生成微生物群落剖析，但是通过这种方法收集的数据非常具有挑战性，因为数据违背了多个标准模型的强假设。粗糙集理论（RST）具有较少可能被违反的假设，并提供了一系列从复杂数据中提取知识的吸引人的工具。本文首次使用RST进行微生物组的描述。我们首先使用一个演示性基准微生物群落剖析，并将该方法扩展到从抑郁者中获取的肠道微生物群落剖析，以便进行知识发现。我们发现RST能够对抑郁患者的肠道微生物组进行出色的描述，并且能够发现之前未描述的微生物组-肠脑轴的变化。RST的一个重要应用方面是为微生物组普查数据的最佳归一化方法的搜索提供了可能的解决方案，因为目前不存在这样的方法。
作者：Benjamin Wingfield, Sonya Coleman, T. M. McGinnity, Anthony J. Bjourson
论文ID：2105.03903
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2021-05-11