蛋白质中多个结合位点的同时识别：一种统计力学方法
摘要：扩展的泊松玻尔兹曼模型在感兴趣的溶质中加入了定向朗之万水偶极子、阴离子、阳离子和亲水分子组成的环境，它们的密度是可变的。电荷之间的相互作用由静电效应控制，而疏水相互作用则用Yukawa势模拟。我们通过假设系统在一个立方格子上表示来加入立体约束，同时假设不可压缩，即格子的所有位置都被占据。这个模型被称为亲水偶极泊松玻尔兹曼朗之万 (HDPBL) 模型，它导出了一组包含水偶极子、盐和疏水分子密度的方程解，这些密度都是自洽地考虑了相互作用。我们利用这些方程解来研究蛋白质周围离子、共溶剂和溶剂分子的组织。特别是，密度峰值预计能同时显示蛋白质上不同类型的配位位点。我们已经检验和验证了HDPBL能够检测与疏水配体、极性配体和带电小探针结合的蛋白质口袋，并表征了膜蛋白的环境。
作者：Patrice Koehl, Marc Delarue, Henri Orland
论文ID：2104.02803
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2021-04-08