通过R软件包constructnet、disgraph和dynet从时间序列数据推断、比较和探索生态网络
摘要：网络推理是生态学界的一个主要研究领域，特别是在手工观察成本高昂且困难的情况下，远程长期监测数据易于获取。此外，对于比较相似的网络结构，尤其是在空间、环境或时间变化等条件下，以及在网络上模拟过程以创建玩具模型和假设，这些都是研究人员非常感兴趣的话题。网络科学社区正在开发大量方法来实现这些目标，但要么没有可用的代码，要么没有R语言的实现，而R语言是生态学家和其他生物学家所偏爱的语言。我们提供了三个软件包，这些软件包将提供一套标准的网络推理方法，包括时间序列数据的构建网络方法（constructnet）、距离度量方法（disgraph）和过程模拟模型（dynet），并整合到不断发展的R网络分析环境中，将帮助生态学家和生物学家在一个平台上执行和比较不同的方法。这些软件包在一个一致的框架中实现，使得在方法和度量之间进行比较更加容易。我们希望这些在R中的工具能够增加生态学家和其他生物学家使用网络工具的可访问性，因为他们大部分分析都是使用这种语言进行的。
作者：Anshuman Swain, Travis Byrum, Zhaoyi Zhuang, Luke Perry, Michael Lin and William Fagan
论文ID：2103.15572
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2021-03-30