grenepipe：一个灵活、可扩展和可重复的管道，用于自动化从序列读数中进行变异和频率呼叫。
摘要：高通量DNA测序数据的处理通常需要将多个独立的软件工具和参数串联在一起，往往导致无法重现的流程和数据集。我们开发了grenepipe来简化数据处理，它是一个从原始测序数据到个体基因型或群体频率表的一体化Snakemake工作流。我们的流程允许用户在单个配置文件中选择一系列热门软件工具，自动下载和安装软件和依赖项，并通过两个命令调用进行准备和运行。它针对集群环境和并行计算进行了高度优化，将数据任务分割为可管理的基因组片段，并自动 consol。grenepipe根据GPL-3许可发布，并可以在https://github.com/moiexpositoalonsolab/grenepipe上免费获取。
作者：Lucas Czech and Moises Exposito-Alonso
论文ID：2103.15167
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2021-03-30