COSINE：用于癌症基因组中克隆和亚克隆结构推断和演化的网络服务器
摘要：肿瘤源于单个细胞的突变，随后发生克隆与亚克隆扩张的体细胞突变积累。从肿瘤基因组测序数据中推断克隆与亚克隆结构，对于肿瘤演化研究具有重要影响。克隆状态和突变顺序能够提供关于肿瘤起源及其未来发展的详细见解。在过去的十年中，已经开发了各种使用 bulk 肿瘤测序数据进行亚克隆重建的方法。由于这些方法是使用不同的编程语言和数据格式开发的，它们的使用和比较可能存在问题。因此，我们建立了一个肿瘤基因组数据的克隆和亚克隆结构推断和演化的 web 服务器 (COSINE)，其中包含了 12 种流行的亚克隆重建方法。我们通过详细的流程和用户友好的界面对每种方法进行了分解。据我们所知，这是第一个提供在线亚克隆推断的 web 服务器，包括最流行的亚克隆重建方法。COSINE 可以免费访问 www.clab-cosine.net 或 http://bio.rj.run:48996/cun-web。
作者：Xiguo Yuan, Yuan Zhao, Yang Guo, Linmei Ge, Wei Liu, Shiyu Wen, Qi Li, Zhangbo Wan, Peina Zheng, Tao Guo, Zhida Li, Martin Peifer, Yupeng Cun
论文ID：2103.15142
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2021-03-30