蛋白质结构域动态的正常模式驱动探索
摘要：蛋白质功能中涉及的域动力学往往可以很好描述为一些低频模式的组合，也就是说，通过一些正常坐标的值来猜测功能运动是可能的。然而，如果没有额外的实验数据，使用正常坐标来生成远离初始构象的精确构象并不那么直接。因此，提出了一种新的方法：不直接使用正常坐标的值来构建构象，而是分两步进行，使用正常坐标构建的构象仅用于定义一组距离约束，最终构象则是根据这些距离约束来构建的。请注意，这种方法等同于将使用正常坐标来生成精确蛋白质构象的问题转化为更为熟悉的问题：距离几何问题，该问题在本文中使用ROSETTA软件解决。在本研究中，这种方法可以精确重建六个大幅度构象变化，最多使用六个低频正常坐标。由于相应子空间的低维性，随机探索也足以生成接近已知构象变化终点的低能量构象。
作者：Yves-Henri Sanejouand
论文ID：2103.11959
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2022-09-07