NF023，一种候选抗癌化合物抑制cIAP2/TRAF2复合体的计算和实验表征
摘要：蛋白质-蛋白质相互作用是许多重要生理过程的基础，也是目前有前景但难以靶点的药物发现。在这种背景下，凋亡抑制蛋白（IAP）介导的相互作用对癌细胞的存活至关重要；已经发现cIAP2的BIR1结构域与TRAF2的相互作用导致cIAP聚集到TNF受体上，促进NF-kappa B的生存途径的激活。在这项工作中，我们使用一个综合的计算模型-体外实验方法，确定了一种药物样分子NF023，能够干扰cIAP2与TRAF2的相互作用。我们在体外证明了它能够干扰cIAP2-BIR1/TRAF2复合物的形成，并通过248个平行无偏向性的分子动力学模拟（总计近75微秒的全原子采样）对化合物的作用方式进行了深入的表征，通过聚类和全体对接发现了NF023与cIAP2的BIR1结构域之间的多种结合方式。因此，NF023是一个有前景的蛋白质-蛋白质相互作用干扰剂，代表了开发NF-kappa B介导的癌细胞存活调节剂的起点。本研究是一个模型过程，展示了大规模分子动力学方法用于定性突变的相互作用体系的使用。
作者：Federica Cossu, Luca Sorrentino, Elisa Fagnani, Mattia Zaffaroni, Mario Milani, Toni Giorgino, and Eloise Mastrangelo
论文ID：2103.10915
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2021-03-22