实时PCR数据的绝对定量与阶段信号差异分析
摘要：实时荧光定量 PCR 方法的一个有效应用是定量核酸样品。鉴于复杂的反应体系和热循环，目前关于如何准确计算初始核酸量的问题一直存在困惑。虽然已经提出了许多改进算法，但经典的阈值法仍然是常规应用中的首选。本研究首先通过随机模拟重建 PCR 反应过程，阐明了阈值值与初始核酸量对数之间线性关系的起源。然后，我们开发了一种新的实时荧光定量 PCR 方法，用于核酸样品的绝对定量。通过监测热循环每个阶段的荧光信号变化，我们能够计算每个步骤的效率变化的表示。这是第一次直接从荧光信号中计算 PCR 效率变化，而不需要拟合或复杂的分析。我们的结果表明，在 PCR 过程中，效率变化是复杂的，不能简单地建模为单调函数模型。基于计算得到的效率，我们阐明了一种新的绝对定量 PCR 分析方法，能够准确确定核酸数量。这种新方法完全避免了效率问题。
作者：Chuanbo Liu and Jin Wang
论文ID：2103.00408
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2021-03-02