重返终点稀释法并替换TCID50和PFU作为病毒样本感染浓度的测量方法
摘要：病毒样本的传染性通过斑点形成测定（PFU或FFU）或终点稀释测定（TCID$\_{50}$，CCID$\_{50}$，EID$\_{50}$，以下统称为ID$\_{50}$）进行测量。在给定稀释度上计数斑点直观地直接提供未稀释样本中的感染剂量浓度。然而，它有许多技术和实验上的限制。例如，它依赖于个人判断两个合并的斑点和一个较大斑点之间的区别，或者小斑点和着色伪影之间的区别。在这方面，ED试验更加稳健，因为只需要确定是否发生感染。ED试验的输出，50\%感染剂量（ID$\_{50}$），可以使用Spearman-Karber（SK，1908,1931）或Reed-Muench（RM，1938）的数学近似来计算。然而，这些计算经常出错，它们对ID$\_{50}$近似值是有偏差的。我们建议废止PFU和FFU试验，并用ED试验的测定输出ID$\_{50}$代之，用我们称之为特定感染（SIN）的更有用的度量取而代之。我们推出了一个免费、开源的网络应用程序midSIN，它可以从标准的ED试验中计算出病毒样本中的SIN浓度，不需要改变当前的实验方案。我们证明SIN/mL样本可靠地对应于每单位体积内样本将引起的感染次数，并直接与感染多重性相关。midSIN的估算结果显示比使用RM和SK的近似方法更准确和稳健。还探讨了ED平板设计选择（稀释因子，每个稀释的重复次数）对测量精度的影响。SIN作为一种度量的简单性和midSIN的更高准确性使其成为PFU、FFU和ID$\_{50}$度量的一个简单、优越的替代品。
作者：Daniel Cresta, Donald C. Warren, Christian Quirouette, Amanda P. Smith, Lindey C. Lane, Amber M. Smith, and Catherine A. A. Beauchemin
论文ID：2101.11526
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2021-11-17