NRGTEN Python软件包：用于蛋白质、核酸、小分子及其复合物的粗粒化正常模式分析的可扩展工具包
摘要：粗粒度正常模式分析（NMA）是一种快速计算技术，用于研究生物分子的动力学。我们在这里介绍了Najmanovich研究小组弹性网络工具包（NRGTEN）。NRGTEN是一个Python工具包，实现了四种不同的NMA模型，以及流行和新颖的度量标准来对这些模型进行基准测试和属性测量。此外，该工具包可作为公共Python包使用，并且很容易扩展用于开发或实现其他NMA模型。其中包含在NRGTEN内的ENCoM模型（弹性网络接触模型），可以考虑原子相互作用的特定化学性质，这使得可以对突变的影响进行一些独特的预测，例如对稳定性的影响（通过振动熵差的变化），不同构象态之间的转变概率，以及整个大分子/复合物的柔性轮廓（用于研究可变性和信号传导）。此外，所有NMA模型都可以用来从起始结构生成构象集合，以帮助蛋白质-蛋白质、蛋白质-配体或其他对接研究等应用。NRGTEN可以通过公共Python包免费获取，并且可以在任何现代设备上轻松安装，并包含在线托管的详细用户指南。可用性和实现：https://github.com/gregorpatof/nrgten\_package/ 联系人：[email protected]
作者：Olivier Mailhot and Rafael Najmanovich
论文ID：2012.13062
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2022-07-08