细菌染色体中Hi-C数据的多尺度分析的计算工具
摘要：高通量染色体构象捕捉（Hi-C）数据揭示了细菌染色体聚集成重叠的相互作用域的嵌套组织，与真核生物相似。在本章中，我们提出了一个多尺度分析框架，旨在捕捉和量化这些属性。这些属性包括标准工具（例如接触定律）和一种索引，可以独立于所涉及的尺度来识别参与域形成的基因座位。我们的目标是双重的。一方面，我们旨在提供一个完整、可理解的基于Python/Jupyter的代码，可供计算机科学家和没有高级计算背景的生物学家使用。另一方面，我们讨论了Hi-C数据分析中固有的统计问题，重点是如何正确评估结果的统计显著性。作为一个示范案例，我们分析了产生于模型致病菌假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）的数据。所有文件（代码和输入数据）均可在github存储库中找到。我们还将这些文件嵌入到Binder软件包中，以便通过互联网在任何计算机上运行完整的分析。
作者：Nelle Varoquaux, Virginia S. Lioy, Fr\'ed\'eric Boccard and Ivan Junier
论文ID：2010.01718
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2020-10-06