超过50,000个SARS-CoV-2基因组的全球分析揭示了8个病毒基因之间的相互作用
摘要：基因组范围的上位互作分析是推断基因相互作用的强大工具，它可以指导药物和疫苗的开发，并对微生物的致病机制有更深入的了解。我们考虑了在GISAID存储库中的所有完整的SARS-CoV-2基因组，直到\textbf{四个}不同的截止日期，并使用直接耦合分析和准连锁平衡假设来推断多态位点对适应性的上位贡献。我们发现了\textbf{八个}相互作用，其中三个相互作用是在一个位点位于ORF3a基因中的对之间，这两个位点都带有非同义突变。我们还发现了在nsp13基因中的两个位点之间的相互作用，这两个位点都带有非同义突变，以及涉及一个位点带有同义突变的四个相互作用。总之，我们推断出病毒基因ORF3a和nsp2、nsp12和nsp6之间的位点间相互作用，以及ORF8和nsp4之间的相互作用，以及基因nsp2、nsp13和nsp14之间的位点间相互作用。该论文为利用显著的上位联系的位点对作为搜索重组病毒病原体的组合性弱点的起点开辟了前景。
作者：Hong-Li Zeng, Vito Dichio, Edwin Rodr\'iguez Horta, Kaisa Thorell, and Erik Aurell
论文ID：2010.01260
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2022-05-18