蒙特卡洛模拟中蛋白质（CoVE）在随机障碍物矩阵中的模拟
摘要：蛋白质在随机介质中的结构和动态特性的蒙特卡洛模拟。通过粗粒化模型，在蛋白质的原生相（低温）和变性相（高温）中生成由障碍物的随机分布生成的随机介质，并进行蒙特卡洛模拟。蛋白质的随机动力学在变性相中是扩散的，在低浓度时速度较慢，随着浓度的增加会减慢，直到达到阈值（cth = 0.10）后停止移动。在原生相中，蛋白质在低浓度时移动非常缓慢，但在进一步增加浓度（c = 0.10 - 0.20）后会加快移动速度，最后在高浓度（cth = 0.30）时被困住。CoVE的主轴半径（Rg）在原生相和变性相中显示出不同的非单调依赖关系（增加后衰减），在原生相中以更高且更陡的变化率 farmer。通过结构因子的标度，估计CoVE的有效维数（D）：在变性相中，当浓度低（= 0.01 - 0.10）时，D = 2（随机卷曲构象），出现了一些球状化即D≈2.3, 2.5，当浓度较高时（= 0.2, 0.3）。增加浓度似乎会减小CoVE在原生相中的球状度（D = 3）。
作者：R.B. Pandey
论文ID：2009.07912
分类：Biological Physics
分类简称：physics.bio-ph
提交时间：2021-04-07