时间和空间中微生物生态系统的计算（COMETS）：用于模拟生态系统代谢的开源协作平台
摘要：基因组尺度的代谢网络建模已成为模拟细胞生理和生长的标准系统生物学工具。该方法的拓展也逐渐成为预测、理解和设计微生物共生系统的有价值途径。COMETS（计算时间和空间中的微生物生态系统）最初作为动态通量平衡分析的扩展而开发，它融入了细胞和分子扩散，并能够在具有空间结构的环境中模拟多种微生物种类。在这里，我们描述了如何最好地使用和应用最新版本的该平台COMETS 2，该版本包括了一个更精确的生物物理模型，用于描述微生物生长时的生物量扩展，以及几个新的生物模拟模块，包括进化动力学和细胞外酶活性。COMETS 2提供了与已建立的COBRA模型和方法兼容的Python和MATLAB接口，全面的文档和教程，方便研究人员在代谢模拟方面的各个水平上使用COMETS。本协议提供了一个详细的指南，用于安装、测试和应用COMETS 2到不同的场景中，广泛适用于不同生境和尺度的微生物共生群落。
作者：Ilija Dukovski, Djordje Baji''c, Jeremy M Chac''on, Michael Quintin, Jean CC Vila, Snorre Sulheim, Alan R Pacheco, David B Bernstein, William J Rieh, Kirill S Korolev, Alvaro Sanchez, William R Harcombe, Daniel Segr`e
论文ID：2009.01734
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2021-10-20