冠状病毒SARS-CoV和SARS-CoV-2基因组中的核酸蛋壳装配/包装信号：检测、比较和治疗靶向的影响
摘要：冠状病毒的基因组ssRNA被包装在螺旋核衣壳内。由于螺旋的过渡对称性，ssRNA和核衣壳蛋白之间的弱特异性合作相互作用导致相关基因组序列中特定准周期装配/包装信号的自然选择。这种信号与核衣壳螺旋结构相协调，在SARS-CoV和SARS-CoV-2的基因组中被检测和重建。这两种病毒信号的主要周期约为54个核苷酸，即每个N蛋白约为6.75个核苷酸。将长度约为30,000个核苷酸的ssRNA基因组完全覆盖的核衣壳需要4,400个N蛋白，使它们成为结构蛋白中最丰富的蛋白。SARS-CoV和SARS-CoV-2的模体库相差很大，但对于SARS-CoV-2的不同隔离株几乎一致。我们使用非重叠窗口宽度为432个核苷酸，得到了装配/包装信号在基因组上的分布。最后，我们使用光谱熵比较了SARS-CoV和SARS-CoV-2在病毒寿命期间点突变和插入/删除的负载。我们发现SARS-CoV上的突变负荷更高。从这个意义上说，SARS-CoV-2可以被视为一个“新生”病毒。这些观察结果可能对实际的医学应用有所帮助，并具有基础研究的兴趣。
作者：Vladimir R. Chechetkin, Vasily V. Lobzin
论文ID：2007.10274
分类：Other Quantitative Biology
分类简称：q-bio.OT
提交时间：2020-09-04