RNA二级结构的共转录动力学折叠，包括伪结
摘要：RNA序列的计算预测是计算结构生物学中的一个重要问题。研究RNA结构形成通常假设该过程起始于一个完全合成的序列。然而，实验证据表明，RNA在其延伸过程中与其折叠是同时进行的。我们研究了RNA二级结构形成，包括假结，这同时考虑了顺反转录效应。我们提出了一个RNA分子折叠过程的单核苷酸分辨率动力学模型，其中RNA链的聚合酶驱动延伸被包括为一个基本操作，与实现该过程同时折叠的随机模拟方法一起。数值案例研究表明，我们的顺反转录RNA折叠模型可以预测在实际生物系统中偏好的构象的形成。因此，我们的新的计算工具可以提供定量预测，并为RNA折叠动力学提供有用的洞察。
作者：Vo Hong Thanh, Dani Korpela and Pekka Orponen
论文ID：2007.05228
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2021-04-28