使用冷冻电子显微镜约束的蛋白质相互作用建模
摘要：电子显微镜在过去几年中的最新进展已经使我们能够以原子分辨率观察分子复合物。因此，许多来自冷冻电子显微镜的结构现在可在蛋白质数据银行中获得。然而，并非所有复合物都可达到原子分辨率，这也适用于冷冻电子断层扫描，可实现的分辨率仍然有限。此外，冷冻电子显微图中的分辨率并不是恒定的，通常外部区域的分辨率较低，可能与构象可变性有关。尽管这些低至中等分辨率的电子显微图（或者其中的区域）无法直接提供大型分子复合物的原子结构，但它们为模拟各个组分及其组装提供了宝贵的信息。大多数这类模拟方法都将各个组分刚性拟合到电子密度图中。然而，这种方法忽略了分子识别、界面的能量和灵活性等关键因素，并且通常将模拟限制在单一的数据来源，即电子密度图。在本章中，我们描述了一种使用电子密度图作为HADDOCK模拟过程的约束的协议。
作者：Mikael Trellet, Gydo van Zundert and Alexandre M.J.J. Bonvin
论文ID：2005.00435
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2020-05-04