PEtab -- 系统生物学参数估计问题的可互操作规范
摘要：数据建模研究的结果的可重复性和可重用性至关重要。然而，到目前为止，在系统生物学中，还没有被广泛支持的格式用于规范参数估计问题。在这里，我们介绍了PEtab，这是一种使用系统生物学标记语言（SBML）模型和一组用于描述观测模型、实验数据以及需要估计的参数的制表符分隔值文件的格式。我们已经将PEtab支持集成到了八个广受认可的模型模拟和参数估计工具箱中，总共有数百名用户使用。我们提供了一个Python库，用于验证和修改PEtab问题，并提供了基于最近研究的20个示例参数估计问题。PEtab规范、PEtab Python库以及示例和所有支持的软件工具的链接都可以在https://github.com/PEtab-dev/PEtab找到，快照可以在https://doi.org/10.5281/zenodo.3732958上找到。所有原始内容都以宽松的许可证授权。
作者：Leonard Schmiester, Yannik Sch"alte, Frank T. Bergmann, Tacio Camba, Erika Dudkin, Janine Egert, Fabian Fr"ohlich, Lara Fuhrmann, Adrian L. Hauber, Svenja Kemmer, Polina Lakrisenko, Carolin Loos, Simon Merkt, Wolfgang M"uller, Dilan Pathirana, Elba Raim''undez, Lukas Refisch, Marcus Rosenblatt, Paul L. Stapor, Philipp St"adter, Dantong Wang, Franz-Georg Wieland, Julio R. Banga, Jens Timmer, Alejandro F. Villaverde, Sven Sahle, Clemens Kreutz, Jan Hasenauer, Daniel Weindl
论文ID：2004.01154
分类：Quantitative Methods
分类简称：q-bio.QM
提交时间：2021-06-09