解读复杂疾病组合的遗传结构的框架：在心血管医学中的应用
摘要：基因组关联研究（GWAS）在揭示复杂疾病的遗传基础中被证明非常有用。目前，大多数GWAS是针对特定单一疾病诊断与对照组的研究。然而，在实践中，一个人往往受到多个条件/障碍的影响。例如，冠状动脉疾病（CAD）患者往往伴有糖尿病（DM）。在类似的情况下，研究患有一种疾病但没有共病的患者通常具有临床意义。例如，肥胖型DM可能与非肥胖型DM具有不同的病理生理学。 在这里，我们开发了一个统计框架，仅使用GWAS总结统计数据来发现共病障碍（或没有共病的障碍）的易感变体。本质上，我们模拟了一个病例对照GWAS，其中病例受到共病或没有相关共病条件的影响（无论哪种情况，我们都可以将病例视为受到特定亚型疾病的影响，这亚型疾病的特征是有无共病条件）。我们扩展了我们的方法来处理具有临床意义分类的连续性状（例如血脂）。此外，我们还说明了分析框架如何扩展到超过两个特征。我们通过将其应用于模拟场景和四个心代谢（CM）特征来验证了我们方法的可行性和有效性。我们还分析了涉及CM疾病亚型的基因、途径、细胞类型/组织。LD分数回归分析显示，一些亚型可能确实在遗传相关性上存在生物学上的不同。进一步的Mendelian随机化分析发现了不同亚型对相关并发症的因果效应的差异。我们认为这些发现在科学和临床价值上都具有意义，而提出的方法可能为分析GWAS数据开辟了新的途径。
作者：Liangying Yin, Carlos Kwan-long Chau, Yu-Ping Lin, Pak-Chung Sham, Hon-Cheong So
论文ID：2003.08518
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2021-01-01