XLMOD：交联和色谱衍生试剂本体论
摘要：质谱技术自从20世纪80年代首次应用于蛋白质分析以来，已经迅速发展。尽管质谱技术在蛋白质分析中最常见的用途是鉴定和定量肽段（从父蛋白消化得到），但质谱技术在结构蛋白质组学中的应用也在快速增长。一个例子是分析交联蛋白质，可以提供有价值的结构信息，补充传统蛋白质结构确定方法获得的信息，对于结构确定和建模的综合方法很有用。为了广泛可重复地应用交联质谱技术，需要对交联实验结果进行标准化表示。本文描述了来自HUPO-PSI的xlmod本体论的发展和发布。xlmod包含用于描述交联实验中使用的试剂以及与交联剂相关的化学修饰的术语，以及它们与计划和执行交联实验相关的主要属性。我们还描述了xlmod如何在新版的HUPO-PSI-s mzIdentML数据标准中使用，以一致的方式报告所使用的交联试剂和结果。此外，xlmod还包含用于指定GC-MS和LC-MS衍生化试剂的术语，以在即将推出的mzTab-M和mzTab-L格式中进行规范化。
作者：Gerhard Mayer
论文ID：2003.00329
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2020-03-03