粗粒化模型与共进化潜力相互作用研究的cadherin分子识别
摘要：由于与肿瘤和转移相关，对于研究在cadherin二聚化中涉及的构象对于理解组织发育及其失败非常重要。实验技术如X射线晶体学通常只能报告最稳定的构象，忽略了可能对识别机制至关重要的少数状态。计算模拟可能是实验方法的有效补充。然而，在明确溶剂中使用标准全原子蛋白质模型在计算上要求太高，以便彻底搜索由数百个氨基酸组成的多链的构象空间。为了达到这个目标，我们采用了一个隐含溶剂中的粗粒化模型。这种模型的标准问题是找到一个能描述它们相互作用的真实潜力。我们利用cadherin序列比对的共进化信息，通过统计潜力来构建一个与蛋白质实验构象无关的相互作用潜力。利用这个模型，我们研究了多链系统的构象空间，并通过与实验数据进行比较验证了结果。我们确定了序列特异性的二聚构象，并能用于理解cadherin之间的识别机制。
作者：S. Terzoli and G. Tiana
论文ID：2002.10796
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2020-02-26