通过基于结构的配体设计和分子建模抑制冠状病毒疾病19的主要蛋白酶3CL-pro
摘要：应用基于虚拟筛选、对接和分子动力学技术的计算策略，我们寻找了可能用于非共价抑制SARS-CoV2冠状病毒主蛋白3CL-pro的潜在先导化合物。基于最近解析的6LU7 PDB结构，利用多模态基于结构的设计生成了配体，并将其最优对接到6LU7单体。对接计算表明，在SARS-CoV和SARS-CoV2主蛋白中，无论催化CYS-HIS二聚体的质子化状态如何，配体结合方式都非常相似。最有效的对接配体的共同结合方式是芳香基团通过可转动的键以伪线性排列连接在一起。分子动力学计算完全验证了通过对接鉴定出的最有效结合剂在3CL-pro结合口袋中的稳定性，即一种氯苯基-吡啶-甲酰胺衍生物。
作者：Marina Macchiagodena, Marco Pagliai, Piero Procacci
论文ID：2002.09937
分类：Biomolecules
分类简称：q-bio.BM
提交时间：2020-03-04