一次解读$ extit{大肠杆菌}$的调节基因组：一百个启动子
摘要：基因组测序的进展彻底改变了我们解读基因组的能力。然而，即使是在研究最为深入的细菌（如大肠杆菌）中，对于约65%的启动子的调控我们仍然一无所知。在我们破解这个调控的罗塞塔石之前，读取和编写基因组的努力将仍然是零散的。我们引入了一种新方法（Reg-Seq），将高通量报告基因实验和质谱联合起来，以对在12种不同生长条件下大肠杆菌的100多个启动子进行分析，达到碱基对级别的分辨率。首先，我们证明了我们的方法能够重现已知序列的调控信息。然后，我们在以前没有已知调控的大肠杆菌基因组中研究了80多个启动子的调控结构。在许多情况下，我们还确定了哪些转录因子介导它们的调控。这里介绍的方法为完全表征模式生物的调控基因组铺平了道路，并有可能扩展到其他生态和医学相关的微生物。
作者：William T. Ireland, Suzannah M. Beeler, Emanuel Flores-Bautista, Nathan M. Belliveau, Michael J. Sweredoski, Annie Moradian, Justin B. Kinney, and Rob Phillips
论文ID：2001.07396
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2020-01-22