Uca minax的转录组新生代组装
摘要：通过高通量cDNA测序（RNA-seq）技术以无偏的方式量化基因表达是一种非常强大的技术。甲壳动物家族是目前基因组数据库中稀缺的一类生物。在这里，我们提供了Uca minax（红节斑甲壳蟹）的转录组数据作为拓展我们知识的机会。我们使用Illumina HiSeq系统对Uca minax的六个组织样本进行了下一代测序。使用Trinity创建了六个转录组文库；Trinity是一种用于高通量mRNA测序（RNA-seq）数据的新基因组转录组组装的自由开源软件工具，没有参考基因组。此外，还使用了几种管理数据的工具，如RSEM, Bowtie, Blast和IGV；IGV是一种可视化RNA-seq分析结果的工具。原始测序文件的快速质量控制（FastQC）分析显示，适配器和PCR引物序列普遍存在，可能需要预处理步骤。
作者：Hanin Omar, Casey A. Cole, Arjang Fahim, Giuliana Gusmaroli, Stephen Borgianini, Homayoun Valafar
论文ID：2001.03092
分类：Genomics
分类简称：q-bio.GN
提交时间：2020-01-10